Bozcaada mimarisi, Türk ve Rum kültürlerinin izlerini taşır. Önceleri kasaba merkezini Rum ve Türk Mahallesi olarak ikiye ayıran derenin yerine günümüzde Çınar Çarşı Caddesi bulunmaktadır. Ada merkezi şu anda Cumhuriyet (Rum) ve Alaybey (Türk) Mahallesi diye iki mahalleden oluşmaktadır. Cumhuriyet Mahallesinde Rum, Alaybey Mahallesinde Türk mimarisine ait izler taşıyan yapılar mevcuttur. Rum ve Türk mimarisinde genel olarak yapı özellikleri birbirine benzese de işlev olarak farklar vardır. Yapı cinsi ahşap ve karkas yapılardan oluşmaktadır. Rum Mahallesinde evlerin bodrumları vardır. Mutfak, banyo, çamaşırlık burada bulunur. Pencereler yüksek ve geniş, genelde kepenklidir. Üst katlar ahşap, yüksek pencereli, kepenklidir. Kapılar yine yüksek, çift kanat ve pencerelidir. Türk evlerinden farklı olarak bazı evler balkonludur. Birçok evin “mağaza” adı verilen binaya bitişik, yüksek duvarlı yapıları bulunmaktadır. Bunlar şarap imalatı ve muhafazası yanı sıra kışlık erzakların depolandığı yerlerdir. Türk Mahallesinde alt katlar biraz daha yüksek ve dar pencerelidir. Bunun sebebi alt katın erzak deposu ya da “taşlık” olarak kullanılmasıdır. Evlerin avlularında genelde üstü toprak damla örtülü mutfak ve çamaşırlık vardır. Evler ahşap tavanlı olup banyolar içeride tuvaletler dışarıda bulunur. Çatıları alaturka kiremitli ve kirpi saçaklıdır.

Rum Mahallesinde sokaklar genelde grid sistem denilen genişçe ve birbirini dik kesen yapıdayken, Türk Mahallesinde sokaklar dar ve girifttir. Sosyal ve dini yapılar da mahallelere göre dağılmıştır. Kilise ve küçük şapel gibi yapılar Cumhuriyet Mahallesinde, cami, hamam, çeşme, namazgah gibi Türk kültürüne özgü yapılar Alaybey Mahallesindedir. Liman bölgesinde yoğunlaşmış yerleşim Arnavut kaldırımlı dar sokakları, tarihi evleriyle sıcak ve samimi atmosfer yaratıyor. Merkez dışında konumlanmış olan bağ evleri, eskiden yaz süresince bağlarda kalan insanların ihtiyaçlarına cevap verecek şekilde yapılanmıştır. Odalar, mutfak ve ahırdan oluşmaktadır. İki katlılarına “kule”, tek katlı olanlarına “dam” denilmektedir. Hepsi taş yapılardır. Bugün artık bağ evleri de, günümüzün her türlü konforuna sahip yapılar olabilmektedir. Eski işlevini sürdüren yenilenmiş yapılar dışında bir kısmı da yazlık ev olarak kullanılmaktadır.